Il reparto di Anatomia Patologica dell'Ospedale Sant'Anna di Como, situato nella nuova sede di San Fermo della Battaglia in via Ravona, ha come Direttore responsabile il Dott. Giovanni Carlo Scola. L'Unità Operativa esegue principalmente esami istologici e citologici, esami di Biologia Molecolare, riscontri diagnostici e consulenze istologiche e citologiche. Tutti i riscontri diagnostici vengono eseguiti nella Sala anatomica della struttura ed il medico del settore è disponibile a fornire ai congiunti notizie riguardo ai reperti anatomopatologici riscontrati. Afferisce all'Anatomia Patologica anche la Struttura Semplice di Medicina Necroscopica. Fanno parte dell'equipe medica dell'unità operativa i dottori Cavallero Alessandra, Ferrario Daniela, Filippi Emanuela, Piatti Bruno, Pilatti Alberto, Ussia Agazio Francesco, Vanini Marco.