Il reparto di Microbiologia dell'Ospedale Del Ceppo di Pistoia, situato in Viale Matteotti 9/D, ha come Direttore responsabile la dottoressa Margherita Niccolai. Il reparto, situato al secondo piano vicino alla Radiologia, fa parte dell'Area Funzionale delle Attività di Laboratorio e si occupa della ricerca degli agenti patogeni che causano malattie infettive nell'uomo per permettere al medico di fare una diagnosi certa d'infezione e per somministrare una terapia antibiotica mirata al microrganismo responsabile. Le indagini possono essere eseguite direttamente su campioni biologici provenienti dalla sede dell'infezione o sul siero del paziente, dove si ricercano gli anticorpi prodotti dall'organismo contro i vari germi patogeni, permettendo quindi una diagnosi precisa dell'infezione in atto. Il laboratorio è articolato nelle seguenti sezioni: Batteriologia; Sierologia; Parassitologia; Biologia Molecolare; Autoimmunità, per la ricerca di anticorpi verso antigeni riscontrati in corso di varie malattie autoimmuni (Lupus, Sclerodermia). Il laboratorio non è aperto al pubblico ed i pazienti che devono consegnare i campioni o effettuare prelievi inerenti alla micorbiologia possono rivolgersi allo sportello del Laboratorio Analisi.