L'Ospedale Santa Maria della Misericordia è l'ospedale della città di Perugia ed ha sede presso l'Azienda Ospedaliera situata in Piazzale Giorgio Menghini nella zona di Sant'Andrea delle Fratte e San Sisto. Le strutture specifiche di alta complessità presenti comprendono le seguente attività assistenziali: la Cardiochirurgia, la Cardiologia Interventistica, la Chirurgia Vascolare, le Chirurgie Oncologiche, la Neurochirurgia e Chirurgia Toracica, l'Emergenze, la Nefrologia e Trapianto di Rene, l'Ematologia con Trapianto di Midollo Osseo, l'Oncoematologia Pediatrica, la Neuroradiologia Interventistica, la Radioterapia Oncologica, la Medicina Interna e Vascolare con Stroke Unit, l'Unità Spinale Unipolare e Malattie Infettive. L'Azienda Ospedaliera di Perugia rappresenta inoltre: Centro di Riferimento Oncologico Interaziendale Regionale, Centro Interaziendale per la sorveglianza delle infezioni da HIV ed infezioni nosocomiali, Centro di Riferimento Regionale Igiene Industriale e Tossicologica, Centro di Riferimento Regionale Impianti Cocleari, Centro di Riferimento Regionale per la Gastroenterologia l'Epatologia e l'Endoscopia Digestiva, Centro di Riferimento Regionale per le Gravi Epatopatie e per i Pazienti Candidati al Trapianto, Centro di Riferimento Regionale per l'appropriatezza prescrittivi, Centro di Riferimento Regionale per la Genetica Medica, Centro di Riferimento Regionale Umbro per l'Epilessia, Centro di Riferimento Regionale per i Trapianti d'Organo, Centro di Riferimento Regionale per la Procreazione Medicalmente Assistita, Centro Regionale di Coordinamento e compensazione Sangue, Centro Regionale per la Promozione dell'Efficacia e dell'Appropriatezza in ambito clinico, Centro di Riferimento per la Malattia Diabetica.